Rencana pembangunan 2025-2029 diterjemahkan melalui 8 (delapan) Prioritas Nasional. Melalui 8 Prioritas Nasional ini akan dijabarkan dalam Program Prioritas, Kegiatan Prioritas, dan Proyek Prioritas. Terkait dengan pengawasan pemanfaatan tenaga nuklir, BAPETEN berkontribusi pada agenda Prioritas Nasional 2 “Memantapkan Sistem Pertahanan Keamanan Negara dan Mendorong Kemandirian Bangsa melalui Swasembada Pangan, Energi, Air, Ekonomi Syariah, Ekonomi Digital, Ekonomi Hijau, dan Ekonomi Biru”, dan Prioritas Nasional 4 “Memperkuat Pembangunan Sumber Daya Manusia (SDM), Sains, Teknologi, Pendidikan, Kesehatan, Prestasi Olahraga, Kesetaraan Gender, serta Penguatan Peran Perempuan, Pemuda (Generasi Milenial dan Generasi Z), dan Penyandang Disabilitas”.

Pada Prioritas Nasional 2, dukungan tugas dan fungsi pengawasan tenaga nuklir yang relevan adalah:

1. Diversifikasi menuju energi yang bersih melalui pembangunan tenaga nuklir menjadi bagian kebijakan strategis yang harus disiapkan baik regulasi, kebijakan, sistem informasi, sistem pengawasan, sumber daya manusia, dan teknologi serta infrastruktur.
2. Peningkatan pengelolaan limbah B3 dan Zat Radioaktif yang harus terus dibenahi sistemnya, mulai dari peraturan dan kebijakan terkait pengelolaan limbah radioaktif yang harus melihat kondisi terkini dan teknologi terbaru, serta kondisi para pelaku usaha yang menghasilkan limbah yang harus menyiapkan bagaimana pelimbahan radioaktif. Selain itu penyelesaian limbah radioaktif yang tak bertuan menjadi permasalahan besar yang harus segera diselesaikan agar tidak menimbulkan masalah baru.

Sedangkan pada Prioritas Nasional 4, dukungan tugas dan fungsi pengawasan tenaga nuklir yang relevan adalah:

1. Pengawasan tenaga nuklir dalam optimalisasi pemanfaatan iptek dan inovasi secara masif berbagai bidang dan khususnya bidang ketenaganukliran. Pengawasan tenaga nuklir melalui penyusun regulasi dan kebijakan dalam inovasi pemanfaatan tenaga nuklir menjadi konsentrasi ke depan untuk menuju nuklir yang aman, damai dan sejahtera baik bidang kesehatan, industri, penelitian, serta instalasi dan bahan nuklir. Pengawasan melalui proses perizinan dan inspeksi langsung ke lapangan dalam memastikan kondisi yang sesuai dengan regulasi menjadi tantangan ke depan. Pengawasan seluruh wilayah NKRI tanpa memandang wilayah dan kedaerahan menjadi tantangan pelaksanaan ke depan.
2. Peningkatan kualitas pelayanan rujukan dalam mendukung pembangunan Rumah Sakit (RS) lengkap berkualitas dan pengembangan pelayanan kesehatan bergerak dan daerah sulit akses merupakan tanggung jawab yang juga diemban dalam pengawasan tenaga nuklir khususnya bidang kesehatan. Memberikan pelayanan perizinan baik bahan nuklir, instalasi, petugas, dan regulasi serta kebijakan menjadi tantangan dalam perkembangan teknologi radiologi, kedokteran nuklir, dan radioterapi. Selain itu distribusi fasilitas, dan petugas di seluruh wilayah NKRI menjadi tanggung jawab untuk dilaksanakan pengawasan lapangan secara konsisten.

Proses perumusan Arah Kebijakan dan Strategi BAPETEN Tahun 2025-2029 dilaksanakan melalui metode analisis kuantitatif dan kualitatif. Analisis kuantitatif dilakukan dengan memberikan penilaian bobot dan rating dari setiap faktor yang sudah teridentifikasi sebelumnya, yang diurutkan berdasarkan tingkat kepentingan. Sedangkan analisis kualitatif dilakukan dengan merumuskan strategi berdasarkan masing-masing komponen penilaian pada analisis SWOT sebelumnya.

Berdasarkan analisis tersebut, maka ditetapkan Arah Kebijakan BAPETEN Tahun 2025-2029 adalah sebagai berikut:

1. Peningkatan sistem pengawasan pemanfaatan tenaga nuklir yang mendukung investasi;
2. Pembangunan sistem pengawasan dalam rangka menyongsong PLTN di Indonesia;
3. Peningkatan sistem pengelolaan Sumber Radiasi Pengion Bidang Kesehatan dan Industri;
4. Peningkatan sistem pemantauan lingkungan, keamanan, dan kesiapsiagaan nuklir Nasional;
5. Pelaksanaan Reformasi Birokrasi berkelanjutan.